1. มหาวิทยาลัยรัฐบาล
   คือมหาวิทยาลัยที่จัดตั้งโดยรัฐบาลกลางของญี่ปุ่น กระจายอยู่ทั่วประเทศทั้งหมด 87 แห่ง (ข้อมูลปี 2549) ในแต่ละจังหวัดจะมีมหาวิทยาลัยของรัฐบาล 1 แห่งเป็นอย่างต่ำ
   
   
2. มหาวิทยาลัยท้องถิ่น
   คือมหาวิทยาลัยที่จัดตั้งโดยองค์กรปกครองตนเองส่วนท้องถิ่น มีอยู่ทั้งสิ้น 86 แห่งทั่วประเทศ
   
   
3. มหาวิทยาลัยเอกชน
   คือมหาวิทยาลัยที่จัดตั้งโดยเอกชน มีอยู่ทั้งสิ้น 408 แห่งทั่วประเทศ ซึ่ง 40% ของมหาวิทยาลัยเอกชนอยู่ในกรุงโตเกียว
   

แม้ว่าจะแบ่งมหาวิทยาลัยออกเป็น 3 ประเภทตามองค์กรที่จัดตั้งก็ตาม แต่ทั้ง 3 ประเภทก็ถูกจัดตั้งขึ้นด้วยมาตรฐานเดียวกัน คุณภาพทางการศึกษาในระดับเดียวกัน ต่างกันที่ค่าใช้จ่ายของเอกชนจะแพงกว่าของรัฐบาลและท้องถิ่น
และถึงแม้ว่านักศึกษาส่วนใหญ่ ต่างก็มุ่งที่จะเรียนในโตเกียวก็ตาม แต่ในพื้นที่อื่น ๆ ของญี่ปุ่นก็มีข้อได้เปรียบอื่น ๆ หลายอย่าง เช่นในเรื่องค่าใช้จ่ายที่ถูกกว่า จำนวนนักศึกษาต่อห้องที่น้อยกว่าทำให้อาจารย์ดูแลได้ทั่วถึง มีโอกาสได้ใกล้ชิดกับสังคมท้องถิ่นง่ายกว่าการอยู่ในเมืองใหญ่ที่สับสนวุ่นวาย เป็นต้น

การเข้าศึกษาในมหาวิทยาลัยของญี่ปุ่น จำเป็นต้องเป็นไปตามเงื่อนไขใดเงื่อนไขหนึ่ง ดังต่อไปนี้

1. เป็นผู้ที่สำเร็จการศึกษาหลักสูตร 12 ปี ( ตั้งแต่ป.1 - ม.6 )
2. กรณีที่สำเร็จการศึกษาในเวลา 10 ปีหรือ 11 ปี จะต้องเป็นผู้ที่สำเร็จการศึกษาใน " หลักสูตรเตรียมเข้าศึกษาต่อ " จากสถาบันที่ได้รับการรับรองโดยกระทรวงการศึกษา วัฒนธรรม การกีฬาและวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และต้องเป็นผู้ที่มีอายุตั้งแต่ 18 ปีขึ้นไป
3. เป็นผู้ที่สอบผ่านการสอบที่ได้รับการรับรองจากแต่ละประเทศว่าเทียบเท่า " การสอบอนุมัติสำเร็จหลักสูตรการศึกษา จากสถานศึกษาระดับสูง " ของญี่ปุ่น
4. เป็นผู้ที่ได้รับการยอมรับว่ามีความรู้ความสามารถเทียบเท่า หรือมากกว่าผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย เพื่อศึกษาต่อในระดับมหาวิทยาลัย
   
   ก. เป็นผู้ที่สอบผ่านหลักสูตรมัธยมศึกษาตอนปลายนานาชาติ ( International Baccalaureate ) หรือสอบผ่านหลักสูตร Abitur ของประเทศเยอรมัน และมีอายุตั้งแต่ 18 ปีขึ้นไป
   
   ข. ผู้ที่สำเร็จการศึกษาหลักสูตร 12 ปี จากสถานศึกษาสำหรับชาวต่างชาติ ซึ่งได้รับการรับรองจากองค์การประเมินการศึกษานานาชาติ ( WASC , ACSI , ECIS ) และมีอายุตั้งแต่ 18 ปีขึ้นไป
5. เป็นผู้ที่ได้รับการยอมรับว่ามีความรู้ความสามารถเทียบเท่าหรือมากกว่าผู้ที่สำเร็จการศึกษาระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย ขึ้นอยู่กับการพิจารณาคุณสมบัติให้เข้าศึกษาเป็นราย ๆ ไป จากมหาวิทยาลัย และมีอายุตั้งแต่ 18 ปีขึ้นไป
   
   

1. ได้รับการตอบรับจากทางมหาวิทยาลัยก่อนที่จะเดินทางไปญี่ปุ่น กล่าวคือทางมหาวิทยาลัยรับนักศึกษาเข้าศึกษาโดยพิจารณาจาก ใบสมัครและเอกสารการสมัครที่นักศึกษาส่งไปจากเมืองไทย แต่มีมหาวิทยาลัยเพียงไม่กี่แห่งเท่านั้น (ประมาณ 20 แห่ง ) ที่รับนักศึกษาเข้าศึกษาต่อโดยการคัดเลือกจากเอกสารเพียงอย่างเดียวเช่นนี้
   
   
2. เดินทางไปสอบคัดเลือกในประเทศญี่ปุ่นโดยวีซ่าระยะสั้น (15 - 90วัน) หากสอบผ่านก็สามารถเปลี่ยนประเภทวีซ่าได้โดยไม่ต้องเดินทางกลับประเทศ แต่วิธีนี้ต้องวางแผนการให้ดี เพราะแต่ละมหาวิทยาลัยมีการจัดสอบไม่ตรงกัน คือสำหรับการเปิดภาคเรียนในเดือนเมษายน การสอบเข้าจะอยู่ในระหว่างเดือนกันยายน - มีนาคม
   
   
3. เข้าศึกษาในสถาบันสอนภาษาญี่ปุ่นระยะหนึ่งก่อน หลังจากนั้นค่อยสมัครเข้าเรียนและดำเนินการสอบคัดเลือกเข้ามหาวิทยาลัย วิธีนี้เป็นวิธีที่นักศึกษาต่างชาติส่วนใหญ่ใช้มากที่สุด โดยเฉพาะคนที่พื้นฐานภาษาญี่ปุ่นยังไม่ดีนัก แต่อย่างไรก็ตาม การศึกษาภาษาญี่ปุ่นภายในประเทศไทยให้ดีก่อน ก็จะช่วยลดเวลาและค่าใช้จ่ายในการไปศึกษาที่ญี่ปุ่นได้มากขึ้น
   
   

การสอบคัดเลือกของมหาวิทยาลัย

ในปัจจุบัน มหาวิทยาลัยจำนวนมากที่จัดให้มีกระบวนการสอบคัดเลือกพิเศษสำหรับนักศึกษาต่างชาติ แต่อย่างไรก็ตามผู้สมัครต้องไปสอบที่ประเทศญี่ปุ่น ซึ่งรายละเอียดของวิชาที่สอบ วันสอบและวิธีการคัดเลือกจะแตกต่างกันไปตามแต่ละมหาวิทยาลัย

การสอบเพื่อศึกษาต่อในประเทศญี่ปุ่น ( EJU )

การสอบระบบใหม่ที่เริ่มใช้ครั้งแรกในปี 2545 เป็นการจัดสอบสำหรับนักศึกษาต่างชาติทุนส่วนตัวที่ประสงค์จะเข้าศึกษาต่อมหาวิทยาลัยในญี่ปุ่น ( ระดับปริญญาตรี ) เพื่อวัดความสามารถทางการศึกษาและความสามารถในด้านภาษาญี่ปุ่น โดยจะใช้ผลการสอบนี้เป็นเกณฑ์ในการพิจารณารับนักศึกษาเพื่อเข้าศึกษาต่อ รายละเอียดเพิ่มเติม

วิธีการอื่น ๆ ในการคัดเลือกนักศึกษาต่างชาติ

วิธีการอื่น ๆ ที่มหาวิทยาลัยใช้ในการคัดเลือกนักศึกษาต่างชาติ มีทั้งการตรวจสอบเอกสาร การสอบวัดความสามารถที่มหาวิทยาลัยนั้น ๆ จัดขึ้นโดยเฉพาะ การสอบสัมภาษณ์ บทความสั้น เรียงความ การสอบวัดความสามารถ และความถนัดอื่น ๆ ซึ่งมีวิธีการแตกต่างกันไป ตามคณะของแต่ละมหาวิทยาลัย