• ตารางแสดงเส้นทางและค่าโดยสาร
  โดยปกติที่สถานีรถไฟจะมีแผนที่แสดงเส้นทาง และการคิดอัตราค่าโดยสารในแต่ละจุดที่จอด แผนที่นี้จะอยู่ใกล้จุดที่ขายตั๋ว ส่วนใหญ่จะเขียนด้วยภาษาญี่ปุ่น ยกเว้นตามสถานีใหญ่ ๆ จะมีบริการเป็นภาษาอังกฤษด้วยเช่นกัน

• ตั๋วโดยสาร
  ซื้อตั๋วโดยสารที่ช่องขายตั๋ว หรือเครื่องขายตั๋วอัตโนมัติ อัตราค่าโดยสารจะคิดจากสถานีหนึ่งไปอีกสถานีหนึ่ง หากไม่แน่ใจว่าจะต้องเสียค่ารถเท่าใด ทางที่ดีควรจะซื้อตั๋วราคาถูกที่สุดไว้ก่อน แล้วไปจ่ายเพิ่มส่วนที่ยังขาดอยู่เมื่อถึงสถานีปลายทาง

• แผงกั้นทางเข้า-ออก
  สอดบัตรเข้าไปในช่องรับบัตร แผงที่กั้นจะเปิดออกให้เดินผ่านเข้าไป อย่าลืมเก็บบัตรคืนกลับมาด้วย

• ชานชาลา
  โดยปกติ รถไฟใต้ดินจะมีเพียงชานชาลาเดียว แต่สำหรับรถไฟธรรมดาในเมืองใหญ่จะมีหลายชานชาลา จะต้องรอให้ตรงกับชานชาลาของรถไฟที่ต้องการจะขึ้น ส่วนใหญ่จะมีป้ายบอกเป็นภาษาอังกฤษและญี่ปุ่น ทั้งคันจิและฮิรางานะ ให้ต่อแถวเข้าคิวที่เครื่องหมายแสดงจุดที่ตรงกับประตูรถไฟ

• บนรถไฟ
  บนรถไฟในญี่ปุ่น ภาพที่มักจะเห็นเป็นประจำคือ ภาพของผู้โดยสารที่นั่งหลับ อ่านหนังสือพิมพ์ หรืออ่านการ์ตูน ส่งข้อความทางมือถือ
  เมื่อรถไฟใกล้ถึงสถานีจะมีเสียงประกาศชื่อสถานีเป็นภาษาญี่ปุ่น แต่มักจะฟังยาก เหนือประตูรถไฟก็จะมีแผนที่แสดงสถานีที่จอดตามเส้นทาง รวมทั้งจุดลงเพื่อต่อรถ

รถไฟบางสายจะมีป้ายไฟอยู่เหนือประตู บอกชื่อสถานีต่อไป
บางสายจะมีภาษาอังกฤษแต่ส่วนใหญ่จะเป็นภาษาญี่ปุ่น

• จุดหมายปลายทาง
  เมื่อลงจากรถไฟ ก่อนออกจากสถานีก็ต้องผ่านแผงกั้นทางเข้าออกอีกครั้ง และสอดบัตรลงไปในช่องเช่นเดียวกับขาเข้า ในกรณีที่ซื้อตั๋วเที่ยวเดียวก็จะไม่ได้รับตั๋วคืน และสำหรับผู้ที่ซื้อตั๋วราคาต่ำกว่าค่าโดยสารจริง ก็จะต้องจ่ายค่าโดยสารเพิ่มที่เครื่องปรับราคาอัตโนมัติ หรือที่เคาเตอร์ปรับราคาค่าโดยสาร ก่อนจะออกจากแผงกั้น