เนื่องจากค่ารักษาพยาบาลในญี่ปุ่นสูงมาก เช่นการไปพบแพทย์เพื่อรักษาไข้หวัด จะเสียค่าใช้จ่ายประมาณ 5,000 เยน ถ้าต้องนอนโรงพยาบาลประมาณ 1 สัปดาห์เพื่อรักษาโรคเช่น ไส้ติ่งอักเสบ จะเสียค่าใช้จ่ายประมาณ 300,000 - 400,000 เยน และค่ารักษาฟันผุหนึ่งซี่ก็ต้องเสียค่ารักษาพยาบาล มากกว่า 10,000 เยน ซึ่งเป็นภาระทางการเงินที่หนักมากสำหรับคนไข้ เพื่อแบ่งเบาภาระนี้ ผู้อยู่อาศัยทุกคนจึงต้องเข้าระบบการประกันสุขภาพแห่งชาติ ภายใต้กฎหมายญี่ปุ่น โดยจะต้องจ่ายเงินค่าประกันทุก ๆ เดือน

นักศึกษาต่างชาติที่พำนักในญี่ปุ่นเป็นเวลา 1 ปีหรือมากกว่า จะต้องเข้าร่วมในระบบการประกันสุขภาพแห่งชาตินี้ เมื่อเป็นสมาชิกในระบบประกันสุขภาพแล้ว จะเสียค่ารักษาพยาบาลเพียงแค่ 20 - 30 % ของค่ารักษาพยาบาล โดยการแสดงบัตรประกันสุขภาพที่โต๊ะประชาสัมพันธ์เมื่อเข้ารับการรักษา แต่ทั้งนี้ค่ารักษาพยาบาลที่เป็นกรณีพิเศษบางอย่าง คุณจะต้องเป็นผู้ชำระเองทั้งหมด เช่น ค่าเช่าเตียงที่เพิ่มขึ้นมาจากการเช่าห้องเดี่ยวในโรงพยาบาล ค่ายาในกรณีที่ใช้ยาชนิดพิเศษในการรักษา ค่ารักษาฟันประเภทพิเศษ ค่าทำศัลยกรรมตกแต่ง ค่าทำคลอดบุตร เป็นต้น

• การสมัครเข้าร่วมในระบบนี้ สามารถทำได้ที่แผนกประกันสุขภาพ ณ ที่ว่าการเขตที่ตนอาศัยอยู่ และต้องนำบัตรประจำตัวคนต่างชาติไปด้วย
  
  
• นักเรียนที่เพิ่งเดินทางมาถึงญี่ปุ่น สามารถสมัครได้ในวันแรกที่ไปทำบัตรประจำตัวคนต่างชาติเลย โดยยื่นเอกสารขอทำบัตรประจำตัวคนต่างชาติให้เสร็จเรียบร้อยก่อน หลังจากนั้นก็ไปยื่นเอกสารเพื่อขอทำประกันสุขภาพที่แผนกประกันสุขภาพ
  
  
• ขั้นตอนการสมัครและการจ่ายเงินค่าเบี้ยประกันนั้น จะแตกต่างกันไปตามแต่ละเขต ค่าเบี้ยประกันจะขึ้นอยู่กับรายได้ของปีที่ผ่านมา นักศึกษาต่างชาติที่ยังไม่มีรายได้ในขณะพำนักในประเทศญี่ปุ่น จะได้รับการลดหย่อน ค่าเบี้ยประกันจะตกประมาณ 1,200 เยนต่อเดือน สำหรับในปีต่อ ๆ ไป เมื่อนักศึกษาทำงานพิเศษและมีรายได้แล้ว ค่าเบี้ยประกันก็จะเพิ่มมากขึ้นตามรายได้ที่นักศึกษาได้รับ
  
  
• เมื่อเป็นสมาชิกในระบบการประกันสุขภาพของรัฐบาลนี้แล้ว จะได้รับบัตรประกันสุขภาพ ซึ่งจะต้องนำติดตัวไปด้วยทุกครั้ง เมื่อเข้ารับการรักษาในสถานพยาบาล
  
  
• ในกรณีที่มีการเปลี่ยนแปลงที่อยู่ ก็ต้องแจ้งเปลี่ยนแปลงที่อยู่นี้ เพื่อทำบัตรใหม่ในเขตที่อยู่ใหม่ด้วยเช่นกัน มิฉะนั้น จะไม่มีผลบังคับใช้แต่อย่างใด